From 57377e525540693463fdc2420f2ba15192776a79 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "j.goddard" Date: Wed, 24 Jun 2026 11:10:23 +0200 Subject: [PATCH 1/4] add case-e software page --- content/software/case-e/_index.de.md | 28 ++++++++++++++++++++++++++ content/software/case-e/_index.md | 28 ++++++++++++++++++++++++++ content/software/case-e/thumbnail.webp | 1 + 3 files changed, 57 insertions(+) create mode 100644 content/software/case-e/_index.de.md create mode 100644 content/software/case-e/_index.md create mode 100644 content/software/case-e/thumbnail.webp diff --git a/content/software/case-e/_index.de.md b/content/software/case-e/_index.de.md new file mode 100644 index 00000000..1b62e557 --- /dev/null +++ b/content/software/case-e/_index.de.md @@ -0,0 +1,28 @@ +--- +title: "case-e: Tool zur Verwaltung von Daten aus klinischen Studien" +contributors: +- venkatesh-hariharapura-shivashankar +- juergen-dukart +- michael-hanke +sites: +- fzj +topics: +- datamanagement +weight: 2500 +--- + +{{< lead >}} + +`case-e` ist ein Open-Source-System für elektronische Fallberichtformulare (eCRF) zur Konzeption klinischer Studien, zur Verwaltung von Studienabläufen und zur Erfassung strukturierter klinischer Forschungsdaten. + +{{< /lead >}} + +Klinische Studien erfordern mehr als nur die Datenerfassung. Forschungsteams müssen Protokolle, Teilnehmergruppen, Besuche, Bewertungen und Anforderungen an die Datenerfassung auf eine Weise definieren, die konsistent, behördlich konform und transparent ist. `case-e` ist ein eigenständiges System für elektronische Fallberichtformulare (eCRF), das diese Aufgaben in einem einzigen Arbeitsablauf vereint, den Forscher und Kliniker „out of the box“ einsetzen können. Indem die Datenerfassung anhand eines Studienprotokolls und der darin geplanten Bewertungen organisiert wird, knüpft `case-e` an die übergeordneten Ziele von ABCD-J im Bereich [FAIR-Datenmanagement]({{< relref path="/topics/datamanagement/" lang="de" >}}) an, indem es transparente Arbeitsabläufe von der Studieneinrichtung bis hin zur Datenerfassung und zum Datenexport unterstützt. + +Forscher können Studien von Grund auf neu erstellen oder Vorlagen verwenden. Als konfigurierbare Datenerfassungsplattform mit einem interaktiven Formular-Generator können Teams in wiederverwendbaren und studienspezifischen Datenfeldern festlegen, welche Daten erfasst werden sollen, ohne dass für jede Studie separate Implementierungen erforderlich sind. Die Abstimmung auf standardisierte Ontologien und integrierte Validierungsregeln helfen den Teams dabei, konsistente, vollständige und validierte Daten zu erfassen. Studienkonfigurationen und erfasste Daten werden sicher im Backend-Speicher abgelegt. + +`case-e` wurde als modulare Frontend-Backend-Anwendung entwickelt, bei der Benutzeroberfläche, API und Datenlogik voneinander getrennt sind, um die Wartbarkeit und die Weiterentwicklung zu unterstützen. Die Plattform stützt sich auf [DataLad-Konzepte](https://concepts.datalad.org/) für die strukturierte Datenerfassung. Die Unterstützung von BIDS-orientierten Exporten kann dabei helfen, Studiendaten für die nachgelagerte Analyse und die Interoperabilität mit Forschungsworkflows vorzubereiten. + +`case-e` steht als gehosteter eCRF-Dienst unter https://ecrf.inm7.de/ für die Nutzung innerhalb der Workflows der ABCD-J-Plattform zur Verfügung. Zudem wird eine Standalone-Version für die lokale oder unabhängige Bereitstellung unterstützt, die über das Repository [`case-e`](https://github.com/Biomarker-Development-at-INM7/case-e) erhältlich ist. + +[{{< icon "document" >}} Docs](https://github.com/Biomarker-Development-at-INM7/case-e) [{{< icon "github" >}} GitHub](https://github.com/Biomarker-Development-at-INM7/case-e) diff --git a/content/software/case-e/_index.md b/content/software/case-e/_index.md new file mode 100644 index 00000000..3f3e1ab7 --- /dev/null +++ b/content/software/case-e/_index.md @@ -0,0 +1,28 @@ +--- +title: "case-e: Clinical Trial Data Management Tool" +contributors: +- venkatesh-hariharapura-shivashankar +- juergen-dukart +- michael-hanke +sites: +- fzj +topics: +- datamanagement +weight: 2500 +--- + +{{< lead >}} + +`case-e` is an open-source electronic case report form (eCRF) system for designing clinical trials, managing study workflows, and recording structured clinical research data. + +{{< /lead >}} + +Clinical trials require more than data collection. Research teams need to define protocols, participant groups, visits, assessments, and data collection requirements in ways that are consistent, regulatory-compliant, and transparent. `case-e` is a self-contained electronic case report form (eCRF) system that combines these tasks into one workflow that researchers and clinicians can deploy "out of the box". By organizing data capture around a study protocol and its planned assessments, `case-e` connects with ABCD-J's wider goals of [FAIR data management]({{< relref path="/topics/datamanagement/" lang="en" >}}) by supporting transparent workflows from study setup through to data collection and export. + +Researchers can create studies from scratch or utilize templates. As a configurable data capture platform with an interactive form builder, teams can define what to collect in reusable and study-specific data fields without requiring separate implementations for each study. Alignment with standardized ontologies and built-in validation rules help teams collect consistent, complete, and validated data. Study configurations and recorded data are securely stored in backend storage. + +`case-e` is developed as a modular frontend-backend application, separating the user interface, API, and data logic to support maintainability and further development. The platform draws on [DataLad Concepts](https://concepts.datalad.org/) for structured data collection. Its support for BIDS-oriented exports can help prepare study data for downstream analysis and interoperability with research workflows. + +`case-e` is available as a hosted eCRF service at https://ecrf.inm7.de/ for use within ABCD-J platform workflows. It also supports a standalone version for local or independent deployment, available from the [`case-e`](https://github.com/Biomarker-Development-at-INM7/case-e) repository. + +[{{< icon "document" >}} Docs](https://github.com/Biomarker-Development-at-INM7/case-e) [{{< icon "github" >}} GitHub](https://github.com/Biomarker-Development-at-INM7/case-e) diff --git a/content/software/case-e/thumbnail.webp b/content/software/case-e/thumbnail.webp new file mode 100644 index 00000000..e741ed76 --- /dev/null +++ b/content/software/case-e/thumbnail.webp @@ -0,0 +1 @@ +/annex/objects/MD5E-s36156--2efef9375176c313716e2633af2dee51.webp -- 2.52.0 From 5d47bb2150937dafc9af15f56c24210f837fa584 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "j.goddard" Date: Wed, 24 Jun 2026 11:16:27 +0200 Subject: [PATCH 2/4] add venkatesh to contributors --- .../_index.de.md | 21 +++++++++++++++++++ .../_index.md | 21 +++++++++++++++++++ .../thumbnail.webp | 1 + 3 files changed, 43 insertions(+) create mode 100644 content/contributors/venkatesh-hariharapura-shivashankar/_index.de.md create mode 100644 content/contributors/venkatesh-hariharapura-shivashankar/_index.md create mode 100644 content/contributors/venkatesh-hariharapura-shivashankar/thumbnail.webp diff --git a/content/contributors/venkatesh-hariharapura-shivashankar/_index.de.md b/content/contributors/venkatesh-hariharapura-shivashankar/_index.de.md new file mode 100644 index 00000000..22d180b0 --- /dev/null +++ b/content/contributors/venkatesh-hariharapura-shivashankar/_index.de.md @@ -0,0 +1,21 @@ +--- +title: Venkatesh Hariharapura Shivashankar +topics: +- datamanagement +software: +- case-e +sites: +- fzj +roles: +- developer +layout: contributor +params: + orcid: 0009-0005-7032-921X + name-title: + affiliation: Institut für Neurowissenschaften und Medizin (INM-7), Forschungszentrum Jülich + seealso-link: https://www.fz-juelich.de/profile/shivashankar_v + seealso-text: Persönliches Profil + sortkey: Hariharapura Shivashankar, Venkatesh +--- + +Research Software Engineer für `case-e`. diff --git a/content/contributors/venkatesh-hariharapura-shivashankar/_index.md b/content/contributors/venkatesh-hariharapura-shivashankar/_index.md new file mode 100644 index 00000000..38bac138 --- /dev/null +++ b/content/contributors/venkatesh-hariharapura-shivashankar/_index.md @@ -0,0 +1,21 @@ +--- +title: Venkatesh Hariharapura Shivashankar +topics: +- datamanagement +software: +- case-e +sites: +- fzj +roles: +- developer +layout: contributor +params: + orcid: 0009-0005-7032-921X + name-title: + affiliation: Institute of Neuroscience and Medicine (INM-7), Research Center Jülich + seealso-link: https://www.fz-juelich.de/profile/shivashankar_v + seealso-text: personal profile + sortkey: Hariharapura Shivashankar, Venkatesh +--- + +Research Software Engineer for `case-e`. diff --git a/content/contributors/venkatesh-hariharapura-shivashankar/thumbnail.webp b/content/contributors/venkatesh-hariharapura-shivashankar/thumbnail.webp new file mode 100644 index 00000000..a73681d7 --- /dev/null +++ b/content/contributors/venkatesh-hariharapura-shivashankar/thumbnail.webp @@ -0,0 +1 @@ +/annex/objects/MD5E-s21362--e535454f32c5a64d5a08b9b122cd64ef.webp -- 2.52.0 From e81b5fcfdb3687bd812b11838d49fd912b99c703 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "j.goddard" Date: Thu, 2 Jul 2026 13:23:20 +0200 Subject: [PATCH 3/4] rm German translation of DataLad Concepts and add qualifying description about DataLad Concepts --- content/software/case-e/_index.de.md | 2 +- content/software/case-e/_index.md | 2 +- 2 files changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/content/software/case-e/_index.de.md b/content/software/case-e/_index.de.md index 1b62e557..faa9b012 100644 --- a/content/software/case-e/_index.de.md +++ b/content/software/case-e/_index.de.md @@ -21,7 +21,7 @@ Klinische Studien erfordern mehr als nur die Datenerfassung. Forschungsteams mü Forscher können Studien von Grund auf neu erstellen oder Vorlagen verwenden. Als konfigurierbare Datenerfassungsplattform mit einem interaktiven Formular-Generator können Teams in wiederverwendbaren und studienspezifischen Datenfeldern festlegen, welche Daten erfasst werden sollen, ohne dass für jede Studie separate Implementierungen erforderlich sind. Die Abstimmung auf standardisierte Ontologien und integrierte Validierungsregeln helfen den Teams dabei, konsistente, vollständige und validierte Daten zu erfassen. Studienkonfigurationen und erfasste Daten werden sicher im Backend-Speicher abgelegt. -`case-e` wurde als modulare Frontend-Backend-Anwendung entwickelt, bei der Benutzeroberfläche, API und Datenlogik voneinander getrennt sind, um die Wartbarkeit und die Weiterentwicklung zu unterstützen. Die Plattform stützt sich auf [DataLad-Konzepte](https://concepts.datalad.org/) für die strukturierte Datenerfassung. Die Unterstützung von BIDS-orientierten Exporten kann dabei helfen, Studiendaten für die nachgelagerte Analyse und die Interoperabilität mit Forschungsworkflows vorzubereiten. +`case-e` wurde als modulare Frontend-Backend-Anwendung entwickelt, bei der Benutzeroberfläche, API und Datenlogik voneinander getrennt sind, um die Wartbarkeit und die Weiterentwicklung zu unterstützen. Die Plattform stützt sich auf [DataLad Concepts](https://concepts.datalad.org/), ein simples aber dennoch expressives Metadatenschema, für die strukturierte Datenerfassung. Die Unterstützung von BIDS-orientierten Exporten kann dabei helfen, Studiendaten für die nachgelagerte Analyse und die Interoperabilität mit Forschungsworkflows vorzubereiten. `case-e` steht als gehosteter eCRF-Dienst unter https://ecrf.inm7.de/ für die Nutzung innerhalb der Workflows der ABCD-J-Plattform zur Verfügung. Zudem wird eine Standalone-Version für die lokale oder unabhängige Bereitstellung unterstützt, die über das Repository [`case-e`](https://github.com/Biomarker-Development-at-INM7/case-e) erhältlich ist. diff --git a/content/software/case-e/_index.md b/content/software/case-e/_index.md index 3f3e1ab7..9dfe2de2 100644 --- a/content/software/case-e/_index.md +++ b/content/software/case-e/_index.md @@ -21,7 +21,7 @@ Clinical trials require more than data collection. Research teams need to define Researchers can create studies from scratch or utilize templates. As a configurable data capture platform with an interactive form builder, teams can define what to collect in reusable and study-specific data fields without requiring separate implementations for each study. Alignment with standardized ontologies and built-in validation rules help teams collect consistent, complete, and validated data. Study configurations and recorded data are securely stored in backend storage. -`case-e` is developed as a modular frontend-backend application, separating the user interface, API, and data logic to support maintainability and further development. The platform draws on [DataLad Concepts](https://concepts.datalad.org/) for structured data collection. Its support for BIDS-oriented exports can help prepare study data for downstream analysis and interoperability with research workflows. +`case-e` is developed as a modular frontend-backend application, separating the user interface, API, and data logic to support maintainability and further development. The platform draws on [DataLad Concepts](https://concepts.datalad.org/), a simple yet powerful metadata schema, for structured data collection. Its support for BIDS-oriented exports can help prepare study data for downstream analysis and interoperability with research workflows. `case-e` is available as a hosted eCRF service at https://ecrf.inm7.de/ for use within ABCD-J platform workflows. It also supports a standalone version for local or independent deployment, available from the [`case-e`](https://github.com/Biomarker-Development-at-INM7/case-e) repository. -- 2.52.0 From 69405d99ecdc44dd4bc73678b06f957cf336a220 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "j.goddard" Date: Thu, 2 Jul 2026 15:13:43 +0200 Subject: [PATCH 4/4] add ohbm 2026 news item --- content/news/2026-ohbm/index.de.md | 26 ++++++++++++++++++++ content/news/2026-ohbm/index.md | 26 ++++++++++++++++++++ content/news/2026-ohbm/ohbm26-award.webp | 1 + content/news/2026-ohbm/ohbm26-booth.webp | 1 + content/news/2026-ohbm/ohbm26-hackathon.webp | 1 + content/news/2026-ohbm/thumbnail.webp | 1 + 6 files changed, 56 insertions(+) create mode 100644 content/news/2026-ohbm/index.de.md create mode 100644 content/news/2026-ohbm/index.md create mode 100644 content/news/2026-ohbm/ohbm26-award.webp create mode 100644 content/news/2026-ohbm/ohbm26-booth.webp create mode 100644 content/news/2026-ohbm/ohbm26-hackathon.webp create mode 100644 content/news/2026-ohbm/thumbnail.webp diff --git a/content/news/2026-ohbm/index.de.md b/content/news/2026-ohbm/index.de.md new file mode 100644 index 00000000..c4aa763a --- /dev/null +++ b/content/news/2026-ohbm/index.de.md @@ -0,0 +1,26 @@ +--- +title: Das ABCD-J-Software-Ökosystem wurde auf der OHBM 2026 vorgestellt +date: 2026-07-02 +showDate: true +--- + +Forscher von ABCD-J trugen auf der diesjährigen Jahrestagung der [Organization for Human Brain Mapping](https://www.humanbrainmapping.org/) (OHBM) in Bordeaux, Frankreich, zu einem Messestand, einem preisgekrönten Poster und dem „BrainHack“ bei. +Die OHBM-Jahrestagung ist eine der größten internationalen Konferenzen im Bereich der Neurobildgebung. + +Während der gesamten Konferenz begrüßten Mitglieder des Konsortiums Besucher am ABCD-J-Messestand, wo sie die ABCD-J-Plattform und ihr wachsendes Ökosystem aus interoperablen Open-Source-Tools vorstellten und hervorhoben, wie diese Software reproduzierbare Neurobildgebungsforschung unterstützen kann. + +![Forscher von ABCD-J und des Forschungszentrums Jülich präsentieren die ABCD-J-Plattform an einem Messestand](ohbm26-booth.webp "Forscher von ABCD-J und des Forschungszentrums Jülich präsentieren die ABCD-J-Plattform an einem Messestand") + +Darüber hinaus präsentierten [Michael Hanke]({{< relref path="../../contributors/michael-hanke" lang="de" >}}) et al. ein Poster, das veranschaulicht, wie sich der interoperable Software-Toolstack von ABCD-J zu relevanten Workflows für Laborgruppen im Bereich der computergestützten Neurowissenschaften kombinieren lässt. +So hebt das Poster hervor, wie [`shacl-vue`]({{< relref path="../../software/shacl-vue" lang="de" >}}) und [Dump Things Service]({{< relref path="../../software/dump-things" lang="de" >}}) Arbeitsabläufe zur automatischen Erstellung von Labor-Websites aus strukturierten Metadaten unterstützen. +Wir sind besonders stolz darauf, mitteilen zu können, dass das Poster mit dem OHBM People’s Choice Award ausgezeichnet wurde und von den OHBM-Teilnehmern die meisten Stimmen für die beste Posterpräsentation erhielt! +Das Poster ist öffentlich auf Zenodo verfügbar: https://zenodo.org/records/20583436. + +![OHBM 2026 People’s Choice Award für das Poster von Michael Hanke et al. mit dem Titel Lab in a box: A build-your-own-open-lab software toolkit](ohbm26-award.webp "OHBM 2026 People’s Choice Award für das Poster von Michael Hanke et al. mit dem Titel Lab in a box: A build-your-own-open-lab software toolkit") + +Im Vorfeld der Hauptkonferenz nahmen mehrere ABCD-J-Mitglieder am [Brainhack Bordeaux](https://ohbm.github.io/hackathon2026/) teil, einem begleitenden kollaborativen Hackathon im Rahmen der OHBM. +Das Team arbeitete an der Weiterentwicklung von Technologien für das Metadatenmanagement und die Forschungsinfrastruktur und untersuchte, wie strukturierte Metadaten nahtlos zwischen Softwarekomponenten fließen können, um die Zusammenarbeit und verschiedene nachgelagerte Anwendungen (z. B. Projektwebsites und Datenkataloge) zu unterstützen. + +![Stephan Heunis arbeitet bei BrainHack Bordeaux an der Entwicklung von Metadaten-Workflows mit](ohbm26-hackathon.webp "Stephan Heunis arbeitet bei BrainHack Bordeaux an der Entwicklung von Metadaten-Workflows mit") + +Zusammen zeigen diese Aktivitäten die kontinuierliche Weiterentwicklung von ABCD-J von einer Sammlung von Softwareprojekten hin zu einem integrierten Ökosystem, das offene, FAIR-konforme und kollaborative Gesundheitsforschung unterstützt. diff --git a/content/news/2026-ohbm/index.md b/content/news/2026-ohbm/index.md new file mode 100644 index 00000000..a1209afc --- /dev/null +++ b/content/news/2026-ohbm/index.md @@ -0,0 +1,26 @@ +--- +title: ABCD-J software ecosystem showcased at OHBM 2026 +date: 2026-07-02 +showDate: true +--- + +ABCD-J researchers contributed to an exhibition booth, award-winning poster and "BrainHack" during this year's [Organization for Human Brain Mapping](https://www.humanbrainmapping.org/) (OHBM) Annual Meeting in Bordeaux, France. +The OHBM Annual Meeting is one of the largest international conferences in neuroimaging. + +Throughout the conference, members of the consortium welcomed visitors to the ABCD-J exhibition booth, where they introduced the ABCD-J platform and its growing ecosystem of interoperable, open-source tools, highlighting how these software can support reproducible neuroimaging research. + +![ABCD-J and Forschungszentrum Jülich researchers present the ABCD-J platform in an exhibition booth](ohbm26-booth.webp "ABCD-J and Forschungszentrum Jülich researchers present the ABCD-J platform in an exhibition booth") + +Additionally, [Michael Hanke]({{< relref path="../../contributors/michael-hanke" lang="en" >}}) et al. presented a poster illustrating how ABCD-J's interoperable software toolstack can be combined into relevant workflows for computational neuroscience lab groups. +For example, the poster highlights how [`shacl-vue`]({{< relref path="../../software/shacl-vue" lang="en" >}}) and [Dump Things Service]({{< relref path="../../software/dump-things" lang="en" >}}) support workflows for automatically generating lab websites from structured metadata. +We are particularly proud to share that the poster was awarded OHBM's People's Choice Award, receiving the most votes from OHBM attendees for the best poster presentation! +The poster is publicly available on Zenodo: https://zenodo.org/records/20583436. + +![OHBM 2026 People's Choice Award awarded to Michael Hanke et al.'s poster title, Lab in a box: A build-your-own-open-lab software toolkit](ohbm26-award.webp "OHBM 2026 People's Choice Award awarded to Michael Hanke et al.'s poster title, Lab in a box: A build-your-own-open-lab software toolkit") + +Prior to the main conference, several ABCD-J members participated in [Brainhack Bordeaux](https://ohbm.github.io/hackathon2026/), a collaborative hackathon accompanying OHBM. +The team worked on further developing technologies for metadata management and research infrastructure, exploring how structured metadata can flow seamlessly between software components to support collaboration and various downstream applications (e.g., project websites and data catalogs). + +![Stephan Heunis collaborates on developing metadata workflows at BrainHack Bordeaux](ohbm26-hackathon.webp "Stephan Heunis collaborates on developing metadata workflows at BrainHack Bordeaux") + +Together, these activities demonstrate the continued evolution of ABCD-J from a collection of software projects into an integrated ecosystem supporting open, FAIR and collaborative health research. diff --git a/content/news/2026-ohbm/ohbm26-award.webp b/content/news/2026-ohbm/ohbm26-award.webp new file mode 100644 index 00000000..672aed4a --- /dev/null +++ b/content/news/2026-ohbm/ohbm26-award.webp @@ -0,0 +1 @@ +/annex/objects/MD5E-s93828--eec3ceecd02bd331a2c62d1074020b4c.webp diff --git a/content/news/2026-ohbm/ohbm26-booth.webp b/content/news/2026-ohbm/ohbm26-booth.webp new file mode 100644 index 00000000..5d82f6ec --- /dev/null +++ b/content/news/2026-ohbm/ohbm26-booth.webp @@ -0,0 +1 @@ +/annex/objects/MD5E-s1704046--ad92b0afe127c52c419d6d3eebc1b673.webp diff --git a/content/news/2026-ohbm/ohbm26-hackathon.webp b/content/news/2026-ohbm/ohbm26-hackathon.webp new file mode 100644 index 00000000..010cfdec --- /dev/null +++ b/content/news/2026-ohbm/ohbm26-hackathon.webp @@ -0,0 +1 @@ +/annex/objects/MD5E-s212404--7db72e033f1b69d82c5aed56d0cadd0b.webp diff --git a/content/news/2026-ohbm/thumbnail.webp b/content/news/2026-ohbm/thumbnail.webp new file mode 100644 index 00000000..be743621 --- /dev/null +++ b/content/news/2026-ohbm/thumbnail.webp @@ -0,0 +1 @@ +/annex/objects/MD5E-s8462--7762d581e2faa0c9d0a96a734ddabef7.webp -- 2.52.0